尽管国家教委对高中历史教材进行了修改，弥补了一些不足，但其存在的问题仍有不少，如缺漏许多重大的历史事件，以及用带有“左倾”思想去评价历史事件。
在高中近代世界历史教科书中，表述了布鲁诺反对宗教蒙昧主义的思想观点。他面对教廷的审判，仍坚持真理，最后“被烧死在罗马鲜花广场。”可以说，这一内容的思想教育，最大的一点莫过于：使学生树立“为捍卫真理不怕牺牲的坚定信念。”然而，高中近现代中国历史教科书，却缺少马寅初教授为坚持“新人口论”而进行斗争的表述。马寅初教授的“新人口论”的理论意义及其勇敢的斗争精神，都不比布鲁诺逊色，并且，马寅初教授生活的时代离我们不远，又是在我国发生的事，无论从哪个角度来讲，这一史实都更具有教育意义，也更有亲切感。
在高中历史教科书中，对于根本没有实现的《天朝田亩制度》，不论从其内容，还是评价，其重视程度似乎都高于1787年的《美利坚合众国宪法》，退一步来说，教材也把它们放到了同一程度上。事实上，对于1787年的美国宪法的内容和评价，教材都带有浓厚的“左倾”观点，从某种角度来讲，还违背了辨证历史唯物主义的观点，即，评价历史事件，不应脱离当时的时代背景。想想看，在当时世界上只有英国、荷兰是资本主义制度，并且英国还是我们常说的不够彻底的“君主立宪制”，其他国家不是处于分裂、黑暗，就是处于专制的高压下，而1787年的美国宪法却确立了当时世界上最进步的共和制，并且美国以后的历史发展也证实了它的伟大。不论是从当时的世界发展潮流来看，还是以成败论英雄来讲，对于1787年美国宪法都应给予充分的肯定。可教科书对它的评价只是轻描淡写地说“具有一定的民主性，”随后又马上说“这部宪法存在着明显的局限性。”怪不得有的历史教师在讲到这一宪法时，对其积极性也采取“轻描淡写”而一笔带过，对于其消极性却讲得“慷慨激昂，”学生也听得入神。联想报纸、杂志、电视等媒体所宣传美国的强权政治，学生对此确信无疑。怪不得有不少国人对“9。11事件”和美国航天飞机爆炸，有幸灾乐祸之感，甚至在“北大”的网络文章中，也有人把这种事说成是“正义的胜利。”难道他们不能分辨是非？肯定不是，而是我们在教育中所给予的许多理念有所偏差，使学生有一种“左倾”的“反美”情绪。
对于抗战时期的历史，教科书给了国民党抗战初期（包括台儿庄战役）充分的肯定，却没有表叙一下抗战后期，国民党远征缅甸的杰出战绩，这些战绩绝不比台儿庄战役逊色，就其意义来说，也比台儿庄战役要大。也许是为了配合早已定调的“国民党在抗战后期消极抗战”的理论，因此，尽管这段历史本该大书特书，但还是忍痛割爱。1941年12月以后，由陈纳德率领的美国志愿航空队（即“飞虎队”）进驻昆明，在抗战时期，“击毁日机2600架，击沉和击毁日本商船2—3万吨，军舰44艘，打死日军66700名以上，”（2002年12月《杂文月刊》）立下了不朽的功勋，加上“整个‘二战’期间盟军付出最大代价的”“驼峰”航线，都充分说明美国在抗战时期对中国给予了巨大的帮助。然而，也许由于长期以来对美国实行的敌对态度，尽管如今早已解冻，但这一思想意识在我们许多人的头脑中仍然根深蒂固，因此，不论在初中还是高中的历史教科书中，都找不到有关这方面的一句半解，这种做法，无论如何也难以安慰为中国人民抗战而死去的和健在的美国飞行员。我们给予白求恩这么高的荣誉，是应该的，但却基本上不宣传“飞虎队”，是不是也存在“左倾思想”？
华盛顿和林肯的伟大，除了其杰出领导才能外，他们伟大的人格魅力，在整个人类历史上也是少见的，尤其是在当时的历史条件下，更是凤毛麟角。这些本是最好的人文主义教育，然而，我们的教科书还是很吝啬，只大谈其政治事件，就连华盛顿拒绝“皇帝”位置，而后又拒绝“终身总统”的美德也不讲一讲。教科书可以给出布克哈特关于“中世纪”的评说，为什么却舍不得补上华盛顿的《告别演说》，哪怕只是简明扼要地介绍一下，也是应该的，因为这一演说的教育意义是非常深远的。教科书写出了马克思对巴黎公社的评价，却没有写出马克思对林肯的高度评价，而且马克思还是与林肯是同时代的人。马克思对林肯的评价是：“这是一个不会被困难所吓倒，不会为成功所迷惑的人；他不屈不挠地迈上自己的伟大目标，而不轻举妄动，他移步向前，而从不倒退`````总之，他是一位达到了伟大境界而仍然保持自己优良品质的罕见人物。这位出类拔萃的道德高尚的人竞是那样谦虚，以致只有在他成为殉难者倒下去之后，全世界才发现他是位英雄。”（《马克思全集》第16卷108—109页）如果教科书有这些内容，教师自然也就在这方面进一步讲解发挥，人文思想的教育也自然更充实。
还有其他的缺漏，这里就不一一列出。
以上说明，我们现在的初中、高中的历史教材，仍然缺少许多人文思想的具体史料，它必将导致许多历史教师在讲授历史教材时，对人文思想教育有所偏差。这是我们历史教育的一大遗憾。